Dejamos la anterior parte de End of Evangelion con prácticamente todos los personajes muertos. Habrá que ponerse manos a la obra para acabar con el resto.
La primera escena que vemos transcurre en Terminal Dogma. A los pies de Lilith, el alfa y la omega de esta historia, se encuentra Rei. Ambas desnudas, ambas utilizadas como objetos por Gendo.
—Adán y yo somos uno ahora… Es la única forma de volver a estar con Yui. La unión prohibida entre Adán y Lilith.
En algún momento, Gendo se injertó el pobre cuerpo de Adán en la mano, lo cual implica que está fusionado con una de las criaturas más poderosas de Evangelion. Sinceramente, este recurso creo que nos habla de las ansias de control de Gendo. Podría haberle entregado el cuerpo a Rei y no habría necesitado hacer lo que va a hacer, por ejemplo. Pero no, Gendo tiene un profundo trauma con no haber podido adelantarse a Yui, y lleva toda su vida intentando ganar control sobre los demás, manipularlos y lograr sus objetivos. Bastante antes de que Yui se uniera a la EVA 01, Gendo aceptó participar en el Proyecto E, ansiando crear un Dios. Puede que su megalomanía no sea tan descarada como la de Yui, pero sigue ahí, y lo ha llevado a encerrar el alma de una diosa en el clon de su propia esposa, entre otras muchas cosas. Señor, no me extraña que quiera ser el titiritero, el director de orquesta de la Complementación aunque de forma natural no tenga ningún papel.